L’église collégiale élevée par Henri II, Duc de Normandie et Roi d’Angleterre, et placée sous le patronage de Saint Thomas Beckett, appartenait à un important prieuré dont la destination première était de venir en aide aux lépreux chassés de Rouen.
Son histoire, tout comme celle de l’instrument qu’il abritait, est mal connue : cet ensemble magnifique garde ses mystères quant à ses auteurs et sa provenance. En 1601-1604, il semble que le Prieuré ait fait construire un orgue par un certain Labé, peut-être collaborateur ou disciple de Crespin Carlier. Apparemment sauvé de la Révolution, l’orgue fut entretenu jusque vers 1865 avant que les services d’un harmonium ne mettent définitivement fin à son activité.
L’ultime déchéance arrive dans les années 1920, lorsque l’instrument est pillé de tous ses tuyaux dans des circonstances non élucidées.
La municipalité de Mont-Saint-Aignan décide, en 1991, la restauration du buffet et de l’instrument. Grâce à ses efforts, conjugués à ceux de l’État et du Conseil général de la Seine-Maritime, c’est une véritable renaissance que préside le maître facteur d’orgues Pascal Quoirin. Celui-ci a pu reconstituer sa structure originale d’après l’étude des quelques éléments mécaniques restants dont le sommier. Toutefois il n’était pas possible d’en déduire la disposition du XVIIe siècle. Pascal Quoirin s’est donc attaché à reconstituer un instrument dans le style de cette époque. Le buffet et la partie instrumentale avec ses quelques 1500 tuyaux ont repris place début 2001.
Depuis cette date, de nombreux concerts sont organisés, notamment dans le cadre des Journées européennes du patrimoine. Des ateliers pédagogiques sont également proposés aux écoles.